R语言的immune_box_plot.r怎么使用

R语言的immune_box_plot.r怎么使用

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immune_box_plot.r  免疫侵润box分布图

使用方法

$ Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -h  usage: immune_box_plot.r [-h] -i filepath -m                                                         filepath -g group                                                         [-b groupby]                                                         [-p palette]                                                         [-G geom [geom ...]]                                                         [-T title] [-x xlab]                                                         [-y ylab] [-o path]                                                         [-n prefix] [-H number]                                                         [-W number]  immune box plot : https://www.高防服务器网.com/article/1497  optional arguments:    -h, --help            show this help message and exit    -i filepath, --input filepath                          input immune result file[required]    -m filepath, --metadata filepath                          input metadata file path[required]    -g group, --group group                          group name from metadata to test[required]    -b groupby, --groupby groupby                          main group name from metadata to subset [default NULL]    -p palette, --palette palette                          fill palette in ggsci : eg npg lancet... for more                          info:https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html                          [default lancet]    -G geom [geom ...], --geom geom [geom ...]                          set type of plot: boxplot, point, violin, splitviolin                          [default=boxplot]    -T title, --title title                          the label for main title [optional, default: 'imm']    -x xlab, --xlab xlab  input xlab [default cell type]    -y ylab, --ylab ylab  input ylab [default fraction]    -o path, --outdir path                          output file directory [default cwd]    -n prefix, --name prefix                          out file name prefix [default demo]    -H number, --height number                          the height of pic inches [default 5]    -W number, --width number                          the width of pic inches [default 8]

使用命令举例

#box图展示  Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -i immu/ssgsea.res.tsv       -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust  -y NES      -G boxplot  -o immu -n ssgse   #splitviolin图展示  Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -i immu/ssgsea.res.tsv       -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust  -y NES      -G splitviolin  -o immu -n ssgse

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