R语言的heatmap_group_plot.r如何使用

R语言的heatmap_group_plot.r如何使用

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heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果

使用参数说明：

$ Rscript   heatmap_group_plot.r -h  usage:  heatmap_group_plot.r [-h] -i filepath -m                                                            filepath -g group                                                            [group ...]                                                            [-l filepath]                                                            [-t topnumber]                                                            [--scale SCALE]                                                            [--log2]                                                            [--cluster_rows]                                                            [--cluster_cols]                                                            [--show_rownames]                                                            [--show_colnames]                                                            [-c color [color ...]]                                                            [-o outdir]                                                            [-p prefix]                                                            [-H height]                                                            [-W width]  plot heatmap  optional arguments:    -h, --help            show this help message and exit    -i filepath, --input filepath                          input the immune res data,[required]    -m filepath, --metadata filepath                          input metadata file path[required]    -g group [group ...], --group group [group ...]                          input group id in metadata file, can set multi                          groups[required]    -l filepath, --genelist filepath                          gene list file to keep [default NULL]    -t topnumber, --top topnumber                          The top var to plot [default NULL]    --scale SCALE         character indicating if the values should be centered                          and scaled in either the row direction or the column                          direction, or none. Corresponding values are "row",                          "column" and "none" [default="row"]    --log2                whether do log2 transfrom [optional, default: False]    --cluster_rows        whether cluster_rows [optional, default: False]    --cluster_cols        whether cluster_cols [optional, default: False]    --show_rownames       whether show_rownames [optional, default: False]    --show_colnames       whether show_colnames [optional, default: False]    -c color [color ...], --color color [color ...]                          color map of heatmap, give three color                          [default=c('blue', 'white', 'red')    -o outdir, --outdir outdir                          output file directory [default cwd]    -p prefix, --prefix prefix                          out file name prefix [default demo]    -H height, --height height                          the height of pic inches [default 9]    -W width, --width width                          the width of pic inches [default 10]

注意事项：

样本分组 metadata文件中，不要有NA值；不然会报错：

Error in names(ann_colors[[opt$group[i]]]) <- unique(mygroup) :     'names' attribute [12] must be the same length as the vector [11]

到此，相信大家对“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是高防服务器网网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！

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