R语言的hclust_analysis.r如何使用

R语言的hclust_analysis.r如何使用

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hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明：

usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                           [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                           [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                           [-H number] [-W number]  Hierarchical Clustering and  plot：https://clincancerres.aacrjournals.org/content/25/16/5002  optional arguments:    -h, --help            show this help message and exit    -i filepath, --input filepath                          input the dataset martix [required]    -d distance, --distance distance                          the distance measure to be used to compute the                          dissimilarity matrix. This must be one of:                          "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra",                          "binary", "minkowski" . By default,                          distance="euclidean".    -m method, --method method                          the cluster analysis method to be used. This should be                          one of: "ward.D", "ward.D2", "single", "complete",                          "average", "mcquitty", "median", "centroid". by                          default method=ward.D    -T top, --top top     select top gene to analysis [default NULL]    -S, --scale           scale data sd=1 mean=0 [default FALSE]    -M max.nc, --max.nc max.nc                          maximal number of clusters for nbclust, between 2 and                          (number of objects - 1), greater or equal to min.nc.                          By default [optional, default: 15]    -k bestk, --bestk bestk                          set bestk or nbclust choose bestk [optional, default:                          NULL]      -X label, --x.lab label                          the label for x axis [optional, default: sample ]    -Y label, --y.lab label                          the label for y axis [optional, default: Distance ]    -t label, --title label                          the label for main title [optional, default: Cluster                          Dendrogram]    -o path, --outdir path                          output file directory [default cwd]    -H number, --height number                          the height of pic inches [default 5]    -W number, --width number                          the width of pic inches [default 10]

使用方法：

应该运行两次

#第一次运行不指定K，通过nbclust 结果选择合适的K （亚型）  Rscript $scriptdir/hclust_analysis.r -i immu/ssgsea.res.tsv  -o hclust  -M 20 --distance "euclidean"    #再次运行指定最佳K，输出聚类树和分组表格  Rscript $scriptdir/hclust_analysis.r -i immu/ssgsea.res.tsv  -o hclust   --distance "euclidean" -k 2

参数说明：

-i  输入基因表达矩阵文件，或者免疫侵润矩阵文件

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